John Malkovich est né le 9 décembre 1953 à Christopher dans lIllinois. Son père, Daniel, d'origine Croate, édite un magazine Outdoor Illinois, tandis que sa mère, Joe Anne, dirige The Benton Evening News, un quotidien local. Il grandit avec son frère Danny au sein d'une famille cultivée et résolument tournée vers l'écologie.
Au début des années 70, John Malkovich profite de ses performances d'athlète pour intégrer l'université de l'Illinois où il commence par suivre des cours sur l'environnement. Mais très vite, il se tourne vers la comédie qu'il découvre sur la campus.
En 1976, il intègre une troupe de Chicago, la Steppenwolf Theater Company avec laquelle il monte pour la première fois sur scène. En 1983, John Malkovich part tenter sa chance à New York. L'année d'après, à Broadway, il donne la réplique à Dustin Hoffman dans Mort d'un commis voyageur. En 1984, la pièce est adaptée au cinéma par Volker Schlöndorff et marque ses débuts au cinéma.
En 1985, John Malkovich incarne un reporter de guerre dans La Déchirure, un film qui fait le tour du monde. Dès lors, il croule sous les demandes et accepte de tourner pour les plus grands. Spielberg, Frears, Bertolucci, Allen... En 1999, il est le héros d'un film étrange et magnifique signé Spike Jonze, Dans la peau de John Malkovich, où il joue son propre rôle sa supposée vraie vie...
Comédien brillant, que ce soit dans le drame ou la comédie, le profond ou le futile, John Malkovich appose sa signature sur tous les films auxquels il participe. En 2002, il réalise son premier film, The Dancer upstairs. En 2007, il monte Good canary, une pièce jouée par Cristiana Reali et Vincent Elbaz, et remporte le Molière 2008 du metteur en scène.
En 1982, John Malkovich se marie avec l'actrice Glenne Headly dont il divorce en 1988. Cette année, là il vit une brève mais intense histoire d'amour avec Michelle Pfeiffer, sa partenaire dans Les Liaisons Dangereuses. En 1989, il épouse Nicoletta Peyran avec qui il a deux enfants, Amandine, née en 1990 et Lorwy, né en 1992.

Filmographie :
2009 : L'Echange, de Clint Eastwood
2008 : Burn After Reading, de Joel Coen
2008 : Et après, de Gilles Bourdos
2007 : La Légende de Beowulf, de Robert Zemeckis
2007 : In Tranzit, de Tom Roberts
2006 : Eragon, de Stefen Fangmeier
2006 : Klimt, de Raoul Ruiz
2006 : Rochester, le dernier des libertins, de Laurence Dunmore
2006 : Appelez-moi Kubrick, de Brian W. Cook
2006 : The Call, de Antoine Fuqua
2005 : H2G2 : le guide du voyageur galactique, de Garth Jennings
2005 : Art school confidential, de Terry Zwigoff
2003 : Un film parlé, de Manoel de Oliveira
2003 : Johnny English, de Peter Howitt
2003 : Les Hommes de main, de David Levien
2002 : Ripley's game, de Liliana Cavani
2002 : Hideous man, de John Malkovich
2001 : Je rentre à la maison, de Manoel de Oliveira
2001 : Les Ames fortes, de Raoul Ruiz
2001 : Hotel, de Mike Figgis
2000 : Citizen Welles, de Benjamin Ross
2000 : L'Ombre du vampire, de E. Elias Merhige
2000 : Les Misérables (Série TV)
1999 : Dans la peau de John Malkovich, de Spike Jonze
1999 : Jeanne d'Arc, de Luc Besson
1999 : Le Temps retrouvé, de Raoul Ruiz
1999 : Les Joueurs, de John Dahl
1999 : Ladies Room, de Gabriella Cristiani
1998 : L'Homme au masque de fer, de Randall Wallace
1997 : Les Ailes de l'enfer, de Simon West
1996 : Portrait de femme, de Jane Campion
1996 : Le Roi des Aulnes, de Volker Schlöndorff
1996 : Les Hommes de l'ombre, de Lee Tamahori
1996 : Mary Reilly, de Stephen Frears
1996 : Par-delà les nuages, de Michelangelo Antonioni
1996 : Cannes man, de Richard Martini
1995 : Le Couvent, de Manoel de Oliveira
1994 : Bienvenue au club, de Steve Rash
1993 : Jennifer 8, de Bruce Robinson
1993 : Dans la ligne de mire, de Wolfgang Petersen
1992 : Les Imposteurs, de Michael Lindsay-Hogg
1992 : Ombres et brouillard, de Woody Allen
1992 : Des souris et des hommes, de Gary Sinise
1991 : Rien à perdre, de Gary Sinise
1990 : Un Thé au Sahara, de Bernardo Bertolucci
1989 : Les Liaisons dangereuses, de Stephen Frears
1988 : L'Empire du soleil, de Steven Spielberg
1987 : La Menagerie de verre, de Paul Newman
1987 : Et la femme créa l'homme parfait, de Susan Seidelman
1986 : Eleni, de Peter Yates
1985 : Les Saisons du coeur, de Robert Benton
1985 : La Déchirure, de Roland Joffé
1985 : Mort d'un commis voyageur, de Volker Schlöndorff