Interviewé par la juge Anne Gruwez et son greffier David Barbet dans le podcast Face à la juge Gruwez disponible sur Auvio, Raphaël Enthoven a évoqué sa relation amoureuse avec Carla Bruni avec laquelle il a été en couple de 2000 à 2007. "Celle qui était alors la compagne de votre père" l'interpelle la juge Gruwez. En effet, Carla Bruni a également été en couple avec le père de Raphaël, Jean-Paul Enthoven, en 2000. L'auteur de l'ouvrage L'esprit artificiel répond : "Oh non, c'est ce que l'histoire raconte. Elle n'était plus la compagne de mon père depuis un moment quand on s'est aimé" répond Raphaël Enthoven.
Il explique : "J'ai rencontré une femme avec qui j'ai fait un enfant, avec qui j'ai passé huit ans de ma vie, qui par ailleurs a été la petite amie de mon père pendant 48 heures. Les choses ne sont pas comparables. Je n'ai pas succédé à mon père, j'ai rencontré la femme de ma vie, celle qui l'était à ce moment-là, et j'ai honoré ce sentiment. Je n'ai pas tourné le dos à ce sentiment par crainte de la rumeur publique. [...] La décision qui s'imposait à moi est d'aimer la personne que j'aimais. Personne n'est en mesure de le juger, personne n'est en mesure de savoir ce qu'il s'est passé".
En 2020, Jean-Paul Enthoven avait par ailleurs confié ne plus avoir de contact et avoir "coupé tout lien" avec son fils après la parution de son livre Le Temps Gagné, qui dépeint un portrait pas très flatteur de son père. "Je suis en deuil, j'ai le coeur brisé, c'est un livre atroce pour ceux qui, comme moi et d'autres, ont adoré Raphaël, et se retrouvent noyés dans un océan d'ingratitude. Je n'aurais jamais cru que ma vie, où il occupait une place centrale, puisse prendre une tournure aussi triste" révélait l'ami de Bernard-Henri Lévy, qui a par ailleurs été victime d'un infarctus la même année.
Lors de sa rencontre avec Raphaël Enthoven, Carla Bruni avait 33 ans, lui 25. L'écrivain avait quitté Justine Lévy avec laquelle il était marié pour se mettre en couple avec l'ancien top model. Ensemble, le couple donne naissance à Aurélien en 2001 et se sépare en 2007. La même année, Carla Bruni a rencontré Nicolas Sarkozy avec lequel elle est devenue maman de Giulia en 2011.
