Freddie Prinze Jr. naît le 8 mars 1976 à Los Angeles, en Californie. Alors qu'il n'a que 10 mois, son père, l'acteur Freddie Prinze Sr. se suicide, c'est donc sa mère, Katherine Elaine Cochrane-Prinze, agent immobilier, qui l'élève seule.

Freddie fait ses études au lycée La Cueva à Albuquerque, au Nouveau-Mexique, mais dès l'obtention de son diplôme, décroché de justesse, il déménage à Los Angeles dans le but de faire du cinéma, comme son père. Après de nombreuses auditions, il apparaît au générique de séries télévisées telle que La vie de famille, avant d'être révélé au grand public en 1996, grâce à son rôle dans To Gillian on her 37th Birthday, dans lequel il donne la réplique à Claire Danes.

En 1997, le film fantastique Souviens-toi... l'été dernier, lui offre une importante notoriété et il déchaîne le public féminin qui plébiscite son physique avantageux. En 1998, il tourne dans le second volet, Souviens-toi... l'été dernier 2, puis joue dans une série de films pour adolescents, parmi lesquels Elle est trop bien en 1999 ou Boys and girls en 2000.

Freddie Prinze Jr. s'illustre également dans des genres plus différents, comme la science-fiction, avec Wing Commander, ou l'adaptation de dessin animé, avec Scooby-Doo en 2002. Un film dans lequel il côtoie la comédienne Sarah Michelle Gellar, son épouse, qu'il retrouve d'ailleurs en 2004 pour la suite des aventures du chien savant, Scooby-Doo 2 : les monstres se déchaînent.

Depuis, Freddie Prinze Jr. enchaîne les apparitions télé, puis devient en 2005 créateur, scénariste et acteur de la sitcom Freddie, dont il est le héros, et dans laquelle il joue au côté de Brian Austin Green.

Depuis le 19 septembre 2009, il est l'heureux papa d'une petite Charlotte Grace, née de son union avec Sarah Michelle Gellar.

Filmographie :
2010 : 24 (Série TV, Saison 8)
2008 : Jack and Jill vs the World, de Vanessa Parise
2007 : New York City Serenade, de Franck Whaley
2007 : Brooklyn rules, de Michael Corrente
2005-06 : Freddie (Série TV)
2004 : Scooby-Doo 2 : les monstres se déchaînent, de Raja Gosnell
2002 : Scooby-Doo, de Raja Gosnell
2001 : Boys and girls, de Robert Iscove
2001 : Folles de lui, de Mark Waters
2001 : Hot summer, de Michael Tollin
2000 : In love, de Kris Isacsson
1999 : Wing commander, de Chris Roberts
1999 : Elle est trop bien, de Robert Iscove
1999 : Souviens-toi... l'été dernier 2, de Danny Cannon
1998 : Souviens-toi, l'été dernier, de Jim Gillespie
1997 : The house of yes, de Mark Waters
1996 : To Gillian on her 37th Birthday, de Michael Pressman